Paul Thijssen studeerde Bedrijfskunde aan de Rijksuniversiteit Groningen en heeft daarnaast een accountancy achtergrond. Na zijn studie is hij begonnen in de marketing en sales voor een farmaceutisch bedrijf en bij een gespecialiseerde zakenbank. In 1993 heeft hij Thijssen Consultancy opgericht en adviseerde op het gebied van strategie, organisatiestructuur en organisatiecultuur. In het bijzonder heeft hij veel aandacht geschonken aan het aanbrengen van samenhang tussen de drie genoemde onderwerpen en het operationeel hanteerbaar maken van beleidskeuzes.

In 2002 is hij adjunct-directeur geworden van het IOWO, een commercieel adviesbureau voor onderwijs, beleid en organisatie, onderdeel van de Radboud Universiteit Nijmegen en was hij hoofdzakelijk verantwoordelijk voor het commercieel beleid, de inrichting van de organisatiestructuur, de werkprocessen en de kwaliteitszorg. Daarnaast voerde hij binnen onderwijsinstellingen tal van adviestrajecten uit waaronder de invoering van de BalancedScoreCard, een nieuwe hogeschoolbrede strategie, de reorganisatie van een groot cluster ondersteunende diensten en de begeleiding van de overname van een aangewezen onderwijsinstelling. Verder heeft hij diverse interim-managementfuncties vervuld bij bijvoorbeeld een zeer grote commerciële afstandsonderwijsorganisatie en binnen het voortgezet onderwijs.

Sinds september 2009 is hij directeur NQA en richt zich daarbij vooral op het optimaliseren van de dienstverlening naar klanten en doelgroepen en het verbreden van de dienstverlening op het terrein van interne kwaliteitszorg en organisatie. Hij voert op genoemde aandachtgebieden advieswerk uit binnen onderwijsinstellingen.